Για την επιστροφή του ΦΠΑ από 20.3.2013 και εφεξής ισχύουν οι διατάξεις της απόφασης ΠΟΛ.1090/2.4.2012 και η επιλογή των προς έλεγχο επιχειρήσεων για την επιστροφή θα γίνεται με την μέθοδο ανάλυσης κινδύνου από τη Γ.Γ.Π.Σ.. Η αίτηση για την επιστροφή Φ.Π.Α. θα γίνεται ηλεκτρονικά, όταν η ΓΓΠΣ ολοκληρώσει την ηλεκτρονική εφαρμογή «Αίτηση επιστροφής Φ.Π.Α.» (σ.σ. πιθανόν να είναι έτοιμη μέχρι το τέλος του έτους). Να σημειώσουμε στο σημείο αυτό ότι, μέχρι την υιοθέτηση της ηλεκτρονικής υποβολής της αίτησης επιστροφής, συνεχίζουν να ισχύουν οι διατάξεις της Α.Υ.Ο. ΠΟΛ.1073/21.7.2004, όσον αφορά τον τρόπο υποβολής της αίτησης, τα δικαιολογητικά που τη συνοδεύουν καθώς και τις ενέργειες της Δ.Ο.Υ. για τη διαχείριση της αίτησης.
Προκειμένου για αιτήσεις που με βάση την ανάλυση κινδύνου από τη Γ.Γ.Π.Σ. δεν έχουν επιλεγεί για έλεγχο, στην περίπτωση που ο Προϊστάμενος Δ.Ο.Υ. διαθέτει στοιχεία από τα οποία προκύπτει σοβαρή παραβατική ή άλλη συμπεριφορά, η οποία θέτει σε κίνδυνο τα συμφέροντα του Δημοσίου, καθώς και στην περίπτωση που έχει εκδοθεί εντολή τακτικού ελέγχου για την περίοδο που καλύπτει η αίτηση επιστροφής ή έχει αρχίσει προσωρινός έλεγχος, δεν πραγματοποιείται άμεσα η επιστροφή, και ενημερώνεται σχετικά η Δ/νση Επιχειρησιακού Σχεδιασμού.
Στις περιπτώσεις που η επιστροφή διενεργείται κατόπιν ελέγχου:
α) Ο έλεγχος διενεργείται κατά προτεραιότητα για υποκείμενους που πραγματοποιούν απαλλασσόμενες πράξεις με δικαίωμα έκπτωσης του φόρου των εισροών τους ή φορολογητέες εκτός Ελλάδας σε ποσοστό τουλάχιστον 50% του συνολικού κύκλου εργασιών τους για την τελευταία διαχειριστική τους περίοδο.
β) Για αιτήσεις επιστροφής που αφορούν εξαγωγές ή ενδοκοινοτικές παραδόσεις, χρησιμοποιούνται υποχρεωτικά, μεταξύ άλλων, τα στοιχεία για τις ενδοκοινοτικές συναλλαγές που προκύπτουν από το σύστημα VIES, καθώς και τα στοιχεία που προκύπτουν από το σύστημα ICIS, όσον αφορά τις εξαγωγές.
Τέλος, σε κάθε περίπτωση επιστροφής Φ.Π.Α. διενεργείται συμψηφισμός του επιστρεφόμενου Φ.Π.Α. εφόσον συντρέχουν οι προϋποθέσεις του άρθρου 83 του Κ.Ε.Δ.Ε οι οποίες είναι :
1. Βέβαιη και εκκαθαρισμένη χρηματική απαίτηση του οφειλέτη κατά του Δημοσίου, η οποία αποδεικνύεται με τελεσίδικη δικαστική απόφαση ή δημόσιο έγγραφο, συμψηφίζεται με βεβαιωμένα χρέη αυτού προς το Δημόσιο.
2. Ο συμψηφισμός προτείνεται με δήλωση του οφειλέτη που υποβάλλεται στη Δ.Ο.Υ., η οποία είναι αρμόδια για την είσπραξη του χρέους. Ο συμψηφισμός μπορεί να ενεργείται και αυτεπάγγελτα, με πράξη του προϊσταμένου της ίδιας υπηρεσίας, εφόσον από τα υπάρχοντα στοιχεία αποδεικνύεται η απαίτηση του οφειλέτη. Απαίτηση του Δημοσίου παραγεγραμμένη αντιτάσσεται σε συμψηφισμό για μια τριετία από τη συμπλήρωση της παραγραφής.
Η δήλωση του οφειλέτη για συμψηφισμό της απαίτησης κατά του Δημοσίου ή το έγγραφο του προϊσταμένου της Δ.Ο.Υ. για αυτεπάγγελτο συμψηφισμό κοινοποιείται στην εκκαθαρίζουσα την απαίτηση υπηρεσία, η οποία υποχρεούται σε άμεση απόδοση του συμψηφισθέντος ποσού.
3. Με τις πιο πάνω προϋποθέσεις επιτρέπεται ο συμψηφισμός απαιτήσεων κατά του Δημοσίου με χρέη προς το Δημόσιο που καταβάλλονται με ταυτόχρονη υποβολή δήλωσης φόρου ή άλλου εσόδου. Η δήλωση συμψηφισμού, που υποβάλλεται μετά τη λήξη της προθεσμίας υποβολής της δήλωσης που αναφέρεται στο προηγούμενο εδάφιο, δεν απαλλάσσει τον οφειλέτη από τις συνέπειες της εκπρόθεσμης υποβολής της.
4. Με το συμψηφισμό οι αμοιβαίες απαιτήσεις αποσβένονται από την ημερομηνία που συνυπήρξαν και κατά το μέρος που καλύπτονται, με την επιφύλαξη των άρθρων 89 και 94 του ν. 2362/1995 (ΦΕΚ 247 Α').
